帝国自由城市在神圣罗马帝国中拥有的独特特权包括：
直接受皇帝管辖：帝国自由城市直接处于皇帝之下的地位，这给于它们许多自由和特权[1]。它们基本上自主，拥有自己的低级和高级司法权，尤其是它们的高级司法权[2]。
经济自由：在阿尔卑斯山以北的土地上，城市市民与公爵和伯爵进行谈判，以争取更大的经济自由。这些政治博弈的结果被写进了名为“特权”的文件中，通常对城市市民阶级非常有利[3]。
自治权：帝国自由城市是独立的自治单位，城市由市政委员会管理，自行制定法律和规章制度，有权宣战或媾和[4]。
贸易和税收收入：在神圣罗马帝国时期，贵族阶层被赋予了许多特权和权力，例如掌握地方行政和司法权力、拥有贸易和税收收入等[5]。
不受主教控制：皇帝以成文法形式确认主教和大主教已有权利的合法性，禁止在领地设立新关卡和铸币所，禁止自治城市接受主教的依附农，禁止未加限制地在主教的城市里支付税金[6]。
这些特权使得帝国自由城市在神圣罗马帝国内享有相对较高的自由度和自治权，促进了城市的发展和繁荣。参考来源包括维基百科、网易新闻、百度百科等[1][2][3][4][5][6]。