博日沃伊二世在位期间与斯瓦托普鲁克的冲突主要表现在以下几个方面：
波希米亚王位争夺：根据维基百科的资料，博日沃伊二世在位期间，他与波列斯瓦夫三世联手攻打波希米亚，导致斯瓦托普鲁克不得不退兵[1]。这表明了博日沃伊二世与斯瓦托普鲁克之间在波希米亚王位上的争夺和冲突。
外部势力的干预：亨利五世不满波兰的干预，起兵攻打波兰，斯瓦托普鲁克也响应出兵。这进一步显示了斯瓦托普鲁克与博日沃伊二世之间的紧张关系，以及外部势力如何影响他们之间的冲突[1]。
权力斗争与和解：博日沃伊二世并不反感弗尔绍夫家族，并主张以和为贵。斯瓦托普卢克继位后，将世纪之交的权力斗争暂时搁置[5]。这表明在博日沃伊二世在位期间，尽管存在冲突，但也有寻求和解的努力。
综上所述，博日沃伊二世与斯瓦托普鲁克之间的冲突主要围绕波希米亚的王位争夺，涉及到外部势力的干预，以及双方之间的权力斗争和和解尝试。这些事件构成了他们之间冲突的主要发展脉络。