贝伦加尔二世在960年入侵教皇国后，最终被奥托一世废黜的原因主要与他与教皇约翰十二世之间的冲突有关。根据百度百科的资料，贝伦加尔二世在962年与教皇约翰十二世发生冲突，在教皇的请求下，奥托一世介入了这场争端。翌年，贝伦加尔二世在承认奥托一世为宗主的条件下，继续统治意大利王国，但割让了维罗纳和阿奎莱亚给奥托一世，并入巴伐利亚公国。这表明贝伦加尔二世的政治地位已经受到了削弱，并且依赖于奥托一世的支持。由于贝伦加尔二世未能维持与教皇的良好关系，并且在政治上失势，这最终导致了他被奥托一世废黜。来源：百度百科