《四库全书》在文渊阁的分类和存放遵循了传统的四部分类法，即“经”、“史”、“子”、“集”四部。每部之下又细分为“属”，整书共有44类、66属。存放时，书籍按照所属的部使用不同的颜色来区分：经部书籍封面用绿色，史部用红色，子部用蓝色，集部用灰色。文渊阁作为《四库全书》的存放地之一，其书籍是按照这种分类和颜色编码系统来组织和存放的。首部《四库全书》连同《钦定古今图书集成》入藏文渊阁时，就是按经、史、子、集四部分架放置的。这样的分类和存放方式不仅有助于保护和整理书籍，也便于检索和研究。
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