荷兰与柔佛联军在1641年攻占马六甲的过程如下：
联盟形成：荷兰东印度公司与柔佛苏丹国结成联盟，共同对抗葡萄牙在马六甲的统治。马六甲战役(1641年) - 维基百科
战略准备：荷兰舰队在1640年10月从南方驶入马六甲海峡，并以柔佛人控制的新加坡海峡为锚地进行休整，同时开始拦截途经此地的任何可疑船只。马六甲战役_百度百科
军事行动：荷兰总督安东尼·范·迪门在荷兰要塞巴达维亚集结军队两千人，与柔佛联军共同发起对马六甲的攻击。海峡大决战：荷兰占据马六甲 - 全知识
攻城战：荷兰与柔佛联军在1641年1月14日成功攻破葡萄牙的马六甲堡垒，结束了葡萄牙对马六甲130年的统治。葡属马六甲- 维基百科
结果：荷兰建立了荷属马六甲殖民地，并开始部署垄断马来半岛的锡矿产量。马来西亚历史 - 百度百科
综上所述，荷兰与柔佛联军通过结盟、战略准备、军事行动和攻城战，最终在1641年成功攻占了马六甲，结束了葡萄牙的统治，并建立了荷兰的殖民地。