亚历山大二世的当选最初不被神圣罗马帝国的法庭认可的原因，根据维基百科的资料，是因为他的当选是由希尔德布兰根据1059年教宗尼各老二世在位时的年龄法令安排的教宗选举[1]。这表明亚历山大二世的当选可能与神圣罗马帝国的法庭所期望或认可的选举程序不符，导致他们最初不认可这一结果。希尔德布兰（即教宗格列高利七世）推行的教会改革，特别是关于教宗与神圣罗马帝国皇帝之间权力关系的改革，可能与帝国法庭的立场存在冲突，从而影响了对亚历山大二世当选的认可。
[1] 亚历山大二世 - 维基百科，自由的百科全书: https://zh.wikipedia.org/zh-cn/%E6%AD%B7%E5%B1%B1%E4%BA%8C%E4%B8%96