西域都护府在汉朝时期取代匈奴的僮仆都尉，成为西域最高军政长官的过程，主要通过以下几个关键步骤实现：
汉朝对西域的军事征服和政治影响：西汉时期，汉朝通过军事征服和政治手段逐渐扩大对西域的影响。特别是在攻破楼兰、车师等国后，汉朝在轮台、渠犁等地驻兵屯田，并设立“使者校尉”管理屯田事务，这标志着汉朝开始在西域建立行政和军事机构[1]。
匈奴势力的衰退：匈奴在西域设置的僮仆都尉负责管理西域事务并征收赋税。然而，随着匈奴势力的衰退和内部分裂，其对西域的控制力逐渐减弱[2]。
西域都护府的设立：汉宣帝神爵二年（公元前60年），西域都护府正式设立，成为中央政府在西域设立的第一个最高军政中心。郑吉被任命为首任西域都护，这标志着西域地区正式纳入汉朝国家版图[3]。
西域都护的职责与权力：西域都护的职责主要是“使护”，与匈奴僮仆都尉的“使领”有明显区别，反映了不同的管理方式。西域都护主要负责保护当地城邦国，并不征收赋税，这与匈奴僮仆都尉的职能不同[4]。
屯田制度的发展：西域都护府成立后，汉朝在西域进行了大规模的屯田，屯田点星罗棋布，大都分布在战略要地及丝绸之路沿线，进一步加强了汉朝对西域的控制[5]。
综上所述，西域都护府取代匈奴僮仆都尉成为西域最高军政长官的过程，是汉朝通过军事、政治和行政手段逐步实现对西域控制和治理的结果。这一过程不仅标志着汉朝对西域的正式统治，也开启了中央王朝有效管理西域的先河[6]。
参考资料： [1] 五分钟了解《西域都护》汉代西域最高军政长官|乌孙|匈奴 [2] 如何诠释边疆———从僮仆都尉和西域都护说起 - 中国历史研究院 [3] 西域都护府：开创中央王朝有效管理西域的先河 - 昆都仑区人民政府 [4] 西域都护府 - 百度百科 [5] 丝绸之路屯垦研究 - 陕西省图书馆 [6] 西域都护府 - 全知识