西班牙殖民者在短短几十年内导致秘鲁原住民人口从1200万锐减到110万的主要原因包括：
疾病：根据维基百科的资料，从16世纪20年代的900万人口锐减为1620年的60万的主因是疫症。西班牙人带来的疾病，如天花和麻疹，对原住民来说是全新的，他们对此没有免疫力，导致了大规模的死亡。
暴力和战争：西班牙殖民者通过军事征服和暴力手段，如杀害印加帝国末代君主阿塔瓦尔帕，推翻了当地的政权，导致了社会结构的崩溃和人口的大量减少。
奴役和劳动剥削：殖民者强迫原住民从事艰苦的劳动，如在波托西银矿的开采中，许多原住民因过度劳累和恶劣的工作环境而死亡。
文化破坏和同化政策：西班牙人试图摧毁当地的文化和宗教，迫使原住民改信天主教，这种文化上的破坏和同化政策也对原住民社会和人口产生了深远影响。
这些因素共同作用，导致了秘鲁原住民人口的灾难性减少。这一历史事件凸显了殖民主义对原住民人口和文化的破坏性影响。