科穆宁军队体系与传统的军区制之间的根本区别主要体现在以下几个方面：
权力集中程度：军区制是拜占庭帝国中期最重要的土地制度，军政兼容、兵农合一的制度1。而科穆宁军队体系则高度集中于皇帝个人和王朝上，这是“科穆宁中兴”的一个显著特征2。
对雇佣兵的依赖：科穆宁时期的军事体系比过去更加显著的依赖于诸如瓦兰吉卫队之类的雇佣兵3，而军区制下的军队更多是由当地农民组成，兵农合一。
贵族家族势力的变化：军区制经过数百年发展，造就了一个权重势大的贵族家族群体4。科穆宁王朝时期，皇帝力图恢复军区制，但没有成功，这表明科穆宁时期对贵族势力的控制有所变化。
军队的恢复和增强：从整体上看，科穆宁王朝时期的帝国军队兵力在此期间有所恢复和增强5，这可能意味着科穆宁体系下对军队的重视和投入比传统军区制时期更多。
综上所述，科穆宁军队体系在权力集中、对雇佣兵的依赖、贵族家族势力的变化以及军队的恢复和增强等方面与传统的军区制存在根本区别。