南昌起义军在潮汕地区的战斗中遭遇了以下挑战：
敌强我弱的军事对比：起义军在潮汕地区与国民党军队的战斗中，面临着兵力对比悬殊的问题。由于国民党军队的兵力更为强大，起义军在战斗中处于劣势[1]。
战略转移的困难：起义军在南下广东的过程中，需要不断地进行战斗和转移，这给部队的行动带来了极大的困难。特别是在抵达广东梅州三河坝地区时，起义军进行了战略上的调整[1]。
弹药和物资的短缺：在战斗中，起义军面临着弹药和物资的短缺问题。由于长时间的战斗和转移，部队的补给线受到严重影响，导致弹药和物资供应不足[7]。
敌人的围追堵截：起义军在南下过程中，国民党反动派的军队紧追不舍，使得起义军需要不断地进行战斗和转移，以摆脱敌人的追击[1][10]。
内部整顿和士气问题：起义军在战斗中需要进行内部整顿，以提高部队的战斗力和士气。由于部队未经整顿，加上酷暑远征，部队减员较多，这对起义军的战斗力造成了影响[12]。
战术和策略的调整：起义军在战斗中需要采取灵活的战术和策略，利用夜幕和城市地形的优势，对国民党军队进行有效的打击。在战斗中，起义军的战术和策略需要不断调整以适应战场的变化[8]。
以上挑战对南昌起义军在潮汕地区的战斗造成了重大影响，尽管如此，起义军领导人最终都能够成功脱险，为后续的革命活动保存了力量[6]。