约翰一世·杜卡斯反对东西教会合并的原因主要是出于对政治利益驱动下的教会联合的坚决反对。根据维基百科的资料，他反对米海尔八世在政治利益驱动下与教皇在第二次里昂大公会议中达成的东西教会联合。为此，他开始帮助米海尔的政敌，甚至还召开一次宗教会议，抨击皇帝与他的支持者。这表明约翰一世·杜卡斯认为教会的联合不应受政治利益的影响，而应基于宗教信仰和教义的纯粹性。他通过实际行动和宗教会议来表达他的立场，显示了他对教会独立性和宗教纯洁性的重视。
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