明朝倭寇中真正的日本人只占少数的原因可以从以下几个方面来理解：
倭寇的组成复杂：根据维基百科的描述，后期倭寇中有不少是南方中国人、朝鲜人以及其他东亚民族，其中更不乏有镇守海疆的军官参与，并产生日本人只占少数的海盗集团。
明朝海禁政策：浙江工商大学东亚研究院的研究指出，由于明朝的海禁政策，许多沿海居民失去了生计，转而成为海盗，即所谓的“从贼”，这些“从贼”大多数是中国人。
倭寇的领导层：搜狐提到，倭寇的首领多是中国人，而日本人在次要头目中所占比例也不高。
倭寇身份的认定：肆虐于明朝初期的倭寇，到底有多少日本人？我们已被骗了五百年 - 搜狐中提到，由于当时残暴严厉的海禁法令，许多沿海居民被迫成为海盗，这些海盗被统称为“倭寇”，但实际上很多并非日本人。
日本国内局势：明代倭寇为什么会猖獗起来？|海禁 - 360Doc中提到，由于日本国内乱局，许多日本人为了求生和求财，加入倭寇行列，但并非所有倭寇都是日本人。
综上所述，明朝倭寇中真正的日本人只占少数，主要是因为倭寇的组成复杂，涉及多个民族和国家的人，以及明朝海禁政策导致的沿海居民生计问题，使得许多中国人加入倭寇行列。