克里斯托弗三世选择哥本哈根作为首都的原因可以从几个方面来理解。首先，根据维基百科的资料，克里斯托弗三世即位初期，他平定了始于埃里克时期在日德兰半岛及菲因岛的农民叛乱。当他在罗斯基勒的居所被焚毁后，他迁居至哥本哈根，并定为首都。哥本哈根的地理位置使其成为连接丹麦各地区的战略要地，并且易于防御。此外，哥本哈根在经济和政治上的重要性也使其成为首都的理想选择。1661年，哥本哈根确立了作为丹麦挪威王国首都的地位，所有的主要机构都设在此处。因此，克里斯托弗三世选择哥本哈根作为首都是基于其战略位置、政治稳定性和经济重要性的综合考量。