凯法利尼亚与扎金索斯行宫伯国的领土被威尼斯和奥斯曼帝国瓜分的原因与中世纪地中海地区的政治格局和军事冲突密切相关。根据搜索结果，以下是一些关键点：
第四次十字军东征：1204年的第四次十字军东征导致了拜占庭帝国的衰败。根据《罗马帝国土地的分割》条约，许多法国人和意大利人在拜占庭帝国原有的领土上建立了许多国家，这为后来的领土瓜分埋下了伏笔[1]。
威尼斯共和国的影响力：威尼斯共和国是中世纪地中海地区的强大海上力量，通过军事征服和政治联姻，威尼斯在地中海地区，包括凯法利尼亚等地区，拥有广泛的利益和影响力[2]。
奥斯曼帝国的扩张：奥斯曼帝国在14世纪至16世纪期间迅速扩张，其领土覆盖了巴尔干半岛和小亚细亚。奥斯曼帝国的军事力量和政治野心使其成为地中海地区的主要势力之一，与威尼斯共和国等国家争夺领土和影响力[3]。
地缘政治竞争：凯法利尼亚和扎金索斯等地区因其战略位置成为威尼斯和奥斯曼帝国争夺的焦点。这些地区不仅是贸易路线上的重要节点，也是军事战略的关键地区[4]。
内部动荡和外部压力：凯法利尼亚与扎金索斯行宫伯国可能因为内部政治动荡和外部军事压力，导致无法有效抵抗外来势力的入侵和瓜分[5]。
综上所述，凯法利尼亚与扎金索斯行宫伯国的领土被威尼斯和奥斯曼帝国瓜分，是由于中世纪地中海地区复杂的政治格局、军事冲突以及各大势力之间的地缘政治竞争所导致的。这一历史事件反映了当时地中海地区权力斗争的激烈程度以及小国在大国夹缝中求生存的困境。