考古学在研究史前社会时面临的独特挑战主要包括以下几点：
缺乏文字记录：史前社会没有文字记载，这使得考古学家必须依赖物质遗存来解读社会结构、文化习俗和历史发展，这比有文字记载的社会更加困难。秦岭| 史前文明的考古学研究: 以良渚文化为例的方法论 - 燕京学堂
遗址保护和盗掘问题：盗掘和非法交易文物的问题严重，破坏了考古遗址的完整性，导致许多珍贵的历史信息永远丢失。考古学是什么，有什么用？ - 问小白
气候变化和环境因素：史前社会受气候和环境变迁的影响较大，考古学家需要结合生态考古等方法来研究这些因素如何影响社会变化。试论史前考古与古环境研究的关系
技术限制和方法论发展：考古学技术的发展和方法论的创新对于解读史前社会至关重要，但这些技术和方法的应用也面临挑战。地理信息系统在中国史前考古学中应用的回顾与反思刘岩
社会结构和文化阐释的复杂性：由于缺乏同质性和关联性，考古学文化不能简单解读为国家政治体或民族认同体，这增加了研究的复杂性。文化理论视野下的考古学文化及其阐释 - 中国社会科学网
全球性问题和挑战：考古学在研究史前社会时，还面临着全球性问题和挑战，如人类起源、社会不平等、市场发展等。考古学对当代问题的独特贡献——史前社会研究新进展
这些挑战要求考古学家不断更新方法论，采用跨学科的研究手段，并加强遗址保护工作，以更全面地理解史前社会。