崖门海战中，元军以少胜多的原因可以从以下几个方面进行分析：
战术和指挥优势：元军在战术和指挥上具有优势。元军指挥官能够灵活运用战术，有效地调动和指挥军队，而宋军的指挥则显得较为混乱。
军队素质和战斗力：元军士兵训练有素，战斗力强，而宋军由于长期的战争消耗，军队疲惫，战斗力下降。
心理和士气因素：元军士气高昂，而宋军在连续的战争中士气低落，特别是在战争的最后阶段，宋军的士气已经崩溃。
战略决策：宋军在战略决策上存在失误，例如张世杰决定将战船连在一起，这限制了宋军的机动性，使得元军可以更容易地发动攻击。
元军的火器优势：元军在火器使用上较为先进，这对宋军构成了一定的技术优势。
宋军的内部矛盾：宋军内部存在矛盾和分歧，影响了军队的统一指挥和战斗力。
元军的围困战术：元军采取了有效的围困战术，切断了宋军的补给线，使宋军处于更加不利的境地。
以上分析基于搜索结果中提供的信息，包括维基百科、搜狐、百度百科等多个来源的描述。这场战役最终以元军的胜利和南宋的灭亡告终，标志着元朝对中国的统一。