之后的蒙古陷入一团混乱，开始逐渐分裂为东部鞑靼（蒙古本部）、西部瓦剌几大部落，此时的兀良哈三卫在明朝和蒙古鞑靼势力之间反复。
北元残余势力被击溃，蒙古分裂为瓦剌和鞑靼两部 至正二十八年（1368年），面对明军的大规模北伐，元朝已经无力抵抗，元顺帝孛儿只斤·妥懽帖睦尔于是率领 ...
北元灭亡以后，蒙古人逐渐分裂为三大部落，即位于东部的鞑靼（蒙古本部）、位于西部的瓦剌、位于鞑靼东部的兀良哈部（位于东北地区，归降大明帝国以后被设置为兀良哈三卫）。
1388年北元灭亡后，蒙古分裂为三个主要部落，分别是：
鞑靼（蒙古本部）：位于东部的鞑靼，即蒙古本部，后来发展为漠南蒙古和漠北蒙古。鞑靼由成吉思汗的黄金家族统治，是蒙古帝国的核心部分。来源
瓦剌：位于西部的瓦剌，即西部蒙古，后来发展为漠西蒙古。瓦剌是蒙古帝国中较为独立的一支力量。来源
兀良哈部：位于鞑靼东部的兀良哈部，主要位于东北地区。兀良哈部在归降大明帝国后被设置为兀良哈三卫。来源
这三个部落的形成标志着蒙古帝国在北元灭亡后的政治分裂，各自发展出不同的历史轨迹。
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