德意志王国通过主教控制意大利地区成为教皇和皇帝冲突的根源，主要原因如下：
权力体系与核心诉求的相似性：根据中国社会科学网的文章《秩序重构下的11—12世纪欧洲政教之争》，“权力体系与核心诉求的相似性成为帝国与教会冲突的根源”。[1] 皇帝和教皇在权力和影响力上有所重叠，特别是在意大利地区，这种重叠导致了冲突。
主教的双重角色：德意志王国通过任命忠诚的主教来控制意大利地区，这些主教既是宗教领袖也是政治统治者。如马克思主义研究网所述，“皇帝以成文法形式确认主教和大主教已有权利的合法性”。[2] 这种安排使得主教成为皇帝权力的延伸，同时也使他们成为教皇权力的挑战者。
教皇国的独立性：教皇国（即教皇统治的地区）的存在是意大利统一的重要因素之一。如文章《教、俗分途——试析意大利民族国家构建中的教皇世俗权力问题》所述，“罗马教廷和教皇世俗权力的存在（具体表现为教皇国）是阻碍意大利统一的重要因素”。[3] 德意志王国通过主教控制意大利地区，实际上是对教皇国独立性的侵犯。
教皇与皇帝的权力斗争：教皇和皇帝之间的权力斗争历史悠久。如搜狐文章《教皇VS国王，欧洲中世纪到底谁的权力更大？》所述，“西欧自罗马帝国分崩离析之后长达千年的时间里，始终是一种由代表世俗权力的王权（皇权）和代表宗教权力的教权（神权）构成的二元结构”。[4] 德意志王国通过主教控制意大利地区，加剧了这种二元结构的紧张关系。
意大利地区的政治复杂性：意大利地区政治复杂，多方势力角逐。如维基百科所述，“意大利战争”中，西班牙帝国、法兰西王国和德意志王国等多方势力在意大利地区争夺控制权。[5] 德意志王国通过主教控制意大利地区，进一步加剧了这一地区的政治紧张和冲突。
综上所述，德意志王国通过主教控制意大利地区，不仅侵犯了教皇国的独立性，还加剧了教皇和皇帝之间的权力斗争，这些都是教皇和皇帝冲突的根源。
[1] 秩序重构下的11—12世纪欧洲政教之争 [2] 王亚平：德意志中世纪政制中的传统要素 [3] 教、俗分途——试析意大利民族国家构建中的教皇世俗权力问题 [4] 教皇VS国王，欧洲中世纪到底谁的权力更大？ [5] 意大利战争