南岛语族的起源主要有以下几种假说：
中国大陆华南起源说：有假说认为南岛语族起源于中国大陆的华南地区，包括台湾少数民族在内的南岛语族的来源可以归纳为起源于华南地区的说法。中新社：何以说台湾古人源于大陆东南沿海？
岛屿东南亚起源说：以索尔海姆（Wilhelm G. Solheim Ⅱ）为代表的假说认为南岛语族起源于岛屿东南亚地区。考古学视野下南岛语族起源与扩散研究的新进展 - 中国历史研究院
汉－南岛语系的语言系属假说：语言学家沙加尔提出汉藏语系、壮侗语系及南岛语系同根同源，都是由原始汉澳语分化而来。南岛民族- 维基百科，自由的百科全书
拉皮塔文化扩散假说：拉皮塔文化的地理分布促使研究者提出“开往波利尼西亚的快车”假说，认为南岛语族最早到达俾斯麦群岛在距今3500年前。杜树海，郭健新| 南岛语族的起源与扩散：成果、争论与新的解释
太平洋群岛起源说：有假说认为南岛语族起源于太平洋群岛地区。“南岛语族”闽台起源说的重新思考 - 社科网
这些假说从不同的角度解释了南岛语族的起源问题，涵盖了语言学、考古学、人类学等多个学科的研究。随着研究的深入，对于南岛语族起源的理解也在不断发展和完善。