司马懿在晚年选择不修坟墓、不设明器、葬于首阳山的原因主要有以下几点：
防盗：战国到汉朝时期，厚葬之风盛行，导致乱世中许多墓葬被盗掘。司马懿通过简葬的方式，减少墓葬被盗的风险。来源：搜狐
吸取历史教训：司马懿可能希望通过简葬来避免历史上因厚葬而引发的一系列问题，如盗墓、社会不稳定等。来源：搜狐
遵循遗愿：司马懿在去世前留下了明确的遗愿，要求后人简葬，不设坟冢，不建陵寝，并留下“不立坟不树”的指示。来源：网易
政治考量：简葬也可能是出于政治上的考量，避免因豪华墓葬而引发的民众不满或政治对手的攻击。来源：腾讯新闻
文化与个人信仰：司马懿可能出于个人的文化信仰和对死后世界的看法，选择了一种更为低调和简朴的葬礼方式。来源：猎国网
综上所述，司马懿选择不修坟墓、不设明器、葬于首阳山，主要是出于防盗、吸取历史教训、遵循遗愿、政治考量以及文化与个人信仰的考虑。