拜占庭帝国爆发反对查士丁尼二世的起义主要有以下几个原因：
残暴统治：查士丁尼二世被认为是一个暴君，他的统治方式残暴，对反对者采取了极端的报复手段，如割鼻、挖舌和阉割等，这激起了人民的不满和反抗情绪。
经济负担：查士丁尼二世在位期间，由于战争和奢侈的宫廷生活，导致国家财政负担加重，进而增加了对人民的税收，使得民众生活困苦，对皇帝的不满情绪加剧。
军事失败：查士丁尼二世在对外战争中遭遇失败，特别是在与保加利亚人的战争中，他被击败并俘虏，这对帝国的威望和民众对皇帝的信任造成了打击。
政治斗争：查士丁尼二世的统治还伴随着宫廷内部的政治斗争，这些斗争不仅削弱了他的权力，也使得国家政治不稳定，进一步激发了民众的不满。
宗教因素：查士丁尼二世在位期间，宗教问题也是引发民众不满的一个因素。他的一些政策可能与当时民众的宗教信仰和习俗相冲突，导致宗教矛盾激化。
综上所述，查士丁尼二世的残暴统治、经济负担、军事失败、政治斗争以及宗教因素共同作用，导致了拜占庭帝国内部对他的广泛不满和起义的发生。这些起义最终导致了他的退位和死亡。