《真理的入门》原本未被发现的原因可能与历史变迁、战乱、保存条件等因素有关，导致原本遗失。现存的三种较为完整的手抄本分别是：
- 回鹘文甲本：公元1444年再努拉比丁于撒马尔罕完成，是最早的完整手抄本，也是最完善的版本。
- 回鹘文乙本：17世纪抄写，现藏于乌兹别克斯坦塔什干。
- 阿拉伯文手抄本：18世纪抄写，现藏于土耳其伊斯坦布尔。
这些手抄本在内容、语言、抄写时间、流传地区等方面存在区别。例如，回鹘文甲本和乙本使用回鹘文，而阿拉伯文手抄本使用阿拉伯文。这些手抄本为我们研究《真理的入门》提供了宝贵的资料。
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