《彼岸岛》的故事背景设定主要有两个不同的版本，一个是小说版本，另一个是漫画版本。
小说版本：小说《彼岸岛》的故事背景设定在二十世纪二十年代末至四十年代中期，主要讲述了一群客家人背井离乡下南洋的故事。故事从一条舢板的失踪开始，逐渐展开形成了密集而蓬勃的故事群，刻画出颍川堂的家族史以及客家人下南洋的艰辛历程[1]。
漫画版本：漫画《彼岸岛》的故事背景设定是一个更为黑暗和恐怖的世界。全世界的文明已经毁灭，世界正在被渴望鲜血的吸血鬼所支配，而残留的幸存者只能战战兢兢地生活在隐蔽处。故事主要的发生场所，是座一年四季都生长着红色彼岸花的海岛，地势多变，有森林、要塞、高山、沼泽、矿坑、雪地、温泉地型与死火山。吸血鬼病能把普通人变成渴望鲜血的吸血鬼[2]。
这两个版本虽然名称相同，但故事背景和情节发展有很大的差异。小说版本更注重历史和人文的描绘，而漫画版本则以超自然恐怖和生存斗争为主题。