动画电影《超人：世界末日》和《超人之死》漫画在故事结构上的主要区别在于：
故事结局不同：《超人：世界末日》中，超人最终战胜了毁灭日并牺牲，而漫画中超人虽然也牺牲，但后来复活。
角色设定不同：动画中加入了更多角色，如露易丝·莱恩等，而漫画中主要聚焦于超人和毁灭日的对决。
情感线不同：动画中超人和露易丝的感情线更加丰富，而漫画中更多聚焦于超人的内心挣扎。
战斗场面不同：动画中的战斗场面更加宏大和激烈，而漫画中则更多通过对话和内心独白展现超人的挣扎。
总的来说，《超人：世界末日》在保留漫画精髓的同时，也进行了一定程度的改编和创新，使其更适合动画电影的表现形式。希望这些信息对你有帮助。