薛瑩在编撰《吴书》过程中遇到的挑战主要包括：
资料收集困难：由于薛瑩编撰《吴书》时距离三国时期已有一段距离，因此收集相关资料和信息存在一定难度。中国通史第五卷三国两晋南北朝时期（上）提到陈寿的时代距三国不远，他尽力搜求能得到的材料，这表明史料的搜集是编撰过程中的一个挑战。
史实考证与分析：在编撰过程中，需要对重要事件进行考订与分析综合，这要求编撰者具备一定的史学研究能力。甲编序说第一章文献资料第一节正史《三国志》中提到，运用正史资料对重要事件进行考订与分析综合，接近于近代史学研究，说明史实考证与分析是编撰工作中的一大挑战。
编纂经验限制：编撰者可能由于学术水平和编纂经验所限，难免会有不足之处。社会科学文献出版社版权所有提到，编纂过程中虽然尽心竭力，但是由于学术水平和编纂经验所限，难免会有不足之处。
政治环境影响：编撰工作可能受到当时政治环境的影响，需要在政治敏感性和史实之间找到平衡。《搜神记》中的祥瑞灾异之书写 - 政治大学提到东汉末、魏晋时期思想多元，是个既混乱又多元的时代，这可能对史书编撰产生影响。
这些挑战反映了编撰《吴书》等史书是一项复杂的工作，需要克服资料收集、史实考证、编纂经验以及政治环境等多方面的困难。