海伦娜·坎塔库泽内在丈夫约翰五世被推翻后选择成为修女的原因是多方面的。根据搜索结果，海伦娜是约翰六世·坎塔库泽努斯的女儿，她被嫁给约翰五世作为和解的象征。然而，和平并没有持续很长时间，她的丈夫约翰五世在1354年亲政后不久，由于政治斗争，最终被推翻。在这种背景下，海伦娜选择成为修女可能是出于以下几种原因：
政治避难：在丈夫被推翻后，海伦娜可能面临政治上的威胁和危险。成为修女可以为她提供一定程度的保护，使她远离政治斗争的漩涡。
精神寄托：经历了剧烈的政治变动和个人生活的剧变，海伦娜可能在精神上寻求慰藉和平静，而修女的生活提供了一个精神上的避难所。
社会地位：尽管失去了皇权，但成为修女仍然可以保持一定的社会地位和尊严，这对于海伦娜来说可能是一个较为体面的选择。
个人信仰：海伦娜可能本身就有深厚的宗教信仰，选择成为修女也是她个人信仰的体现。
综上所述，海伦娜·坎塔库泽内在丈夫被推翻后选择成为修女，可能是由于政治、精神、社会和信仰等多方面因素的综合作用。这一选择反映了她个人在动荡时期的应对策略和生活态度。