胡安娜二世在继承法国王位时被忽视，最终成为纳瓦拉女王的原因可以从以下几个方面来理解：
继承权的放弃：根据搜索结果中的一篇文章法兰西公主胡安娜是卡佩王朝的直系后裔，为何没能继承法兰西王位，胡安娜的父亲厄德四世成为了腓力五世的女婿，并同意了岳父腓力五世的提议，承诺会让胡安娜在18岁之前放弃法国和纳瓦拉王位。因此，胡安娜并没有继承法国王位。
精神健康问题：另一篇搜索结果胡安娜(卡斯蒂利亚) - 维基百科提到胡安娜被宣布为精神错乱，并被其父亲下令关在托德西亚斯的圣克拉拉皇家修道院。这可能也是她没有继承法国王位的原因之一。
政治安排：1328年，胡安娜的祖父查理逝世后，法国王位传给了他的堂哥腓力六世，而胡安娜与丈夫则在纳瓦拉人的拥立下获得纳瓦拉的王位，称胡安娜二世。胡安娜二世- 维基百科，自由的百科全书。这表明胡安娜成为纳瓦拉女王是政治安排的结果。
综上所述，胡安娜二世未能继承法国王位，而是成为纳瓦拉女王，主要是由于她放弃了继承权、精神健康问题以及政治安排的结果。
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