红色高棉统治期间，柬埔寨的佛教寺庙几乎被完全摧毁的原因主要有以下几点：
宗教迫害：红色高棉试图破坏文化基础，禁止宗教信仰，佛教作为柬埔寨最重要的宗教，其寺庙和僧侣成为主要的迫害对象。据搜索结果中的维基百科页面显示，红色高棉对宗教的残酷迫害导致柬埔寨95%的佛教寺庙被完全摧毁[1]。
文化破坏：红色高棉试图通过破坏文化和宗教来巩固其政治权力。根据搜狐文章，佛教被禁，和尚被杀，寺庙被毁，红色高棉试图破坏文化基础[4]。
社会改造：红色高棉推行农业社会主义，认为城市是滋生罪恶的温床，将大量城市居民驱逐到农村进行建设，并废除货币，禁止宗教信仰[2]。
政治清洗：红色高棉在柬埔寨进行了大规模的政治清洗，许多僧侣和知识分子被杀害或被迫进入劳改营。据执惠文章，33位柬埔寨修复专家在红色高棉统治时期被害，重要的修复资料被焚[3]。
人口减少：红色高棉执政期间，柬埔寨至少20%的人口死于非命，其中包括大量僧侣[11]。
综上所述，红色高棉统治期间对佛教寺庙的摧毁是其对文化、宗教和社会进行极端改造的一部分，旨在消除任何可能对其统治构成威胁的因素。这场浩劫不仅摧毁了寺庙，也给柬埔寨的文化和宗教生活带来了深远的影响。
[1] 维基百科，自由的百科全书