关于第二次鼠疫大流行的源头，存在几种不同的说法：
中亚或克里米亚起源说：有观点认为第二次鼠疫大流行可能起源于中亚或克里米亚地区[1]。
喜马拉雅山区起源说：另一说法是源头可能在喜马拉雅山区[1]。
黑海城市卡法起源说：还有说法认为第二次鼠疫大流行起源于黑海城市卡法[1]。
亚洲小沙鼠起源说：有研究认为病源可能来自亚洲的小沙鼠[2]。
云南起源说：一些历史学家认为第二次世界鼠疫大流行起源于云南，并认为云南是一个古老的家鼠鼠疫疫源地[3]。
其他疾病身份怀疑说：一些历史学家对引起这一流行病的疾病（现在称为“黑死病”）的身份表示怀疑，怀疑者提出炭疽、斑疹伤寒、流行性感冒、病毒性出血热、不再存在的微生物，或霉菌等其他可能性[4]。
这些不同的说法反映了学界对于第二次鼠疫大流行源头的争议和不确定性。由于历史记录的局限性和病原体溯源的复杂性，至今仍未有定论。1 2 3 4