克里斯托弗三世在即位初期平定农民叛乱的方法主要包括迅速采取行动和政治决策。根据搜索结果，以下是他采取的一些具体措施：
迅速平定叛乱：即位初期，克里斯托弗三世立即平定了始于埃里克时期在日德兰半岛及菲因岛的农民叛乱。来源
迁居哥本哈根：当克里斯托弗三世在罗斯基勒的居所被焚毁后，他迁居至哥本哈根，并定为首都。这一举措可能有助于他更有效地管理国家并控制叛乱。来源
政治联盟：克里斯托弗三世相继于1441年被选为瑞典国王及1442年被选为挪威国王，这可能增强了他在斯堪的纳维亚地区的政治影响力，有助于平定叛乱。来源
这些措施显示了克里斯托弗三世在处理农民叛乱时的果断和政治智慧。通过迅速行动和巩固政治地位，他成功地平息了叛乱。