孙中山在台湾建立起义指挥中心并策划惠州起义的过程如下：
赴台策划起义：1900年9月，孙中山化名吴仲，从日本神户出发，经马关到达台湾基隆港。[1] 他选择在台北新起町（今长沙街）建立起义指挥中心，策划惠州起义。[2]
组织革命队伍：孙中山在台湾停留了42天，期间他积极宣传革命思想，组织革命队伍，并与兴中会台湾分会的同志接触，直接在台湾播下了革命种子。[3]
与日本军人合作：孙中山聘请了一些日本军人参与起义策划，并原计划指令郑士良于10月8日举义。[4]
起义失败与撤离：由于日本总督食言，军械接济之事落空，惠州起义最终失败。孙中山于11月10日乘船离开台湾赴日。[5]
与台湾总督会晤：孙中山在台期间与台湾总督儿玉源太郎、民政长官后藤新平会晤，讨论起义事宜。[6]
孙中山在台湾的行动对当地的革命思想传播有着深远影响，尽管惠州起义最终失败，但他的行动为后来的辛亥革命积累了宝贵经验。[7]
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