马所拉学士在文本旁边记下的批注主要有以下几个作用：
保持文本原貌：马所拉学士在抄写文本时，对文本本身不做任何改动，而是在他们认为适当的时候在文字旁记下批注，小心翼翼地力求保全文本的原貌[1]。
记录文本更改：马所拉学士利用每页旁边的空白处，记下文本可能被以前抄写员有意或无意地更改过的地方，以确保准确无误[4]。
记录罕用词语和组合：马所拉学士也在这些边旁评注记下一些罕有形式的词语和词语组合，以及元音的读法，因为这些信息以前是凭口头传统去传授的[2][4]。
传承口头传统：这些批注帮助传承口头传统，因为它们记录了元音的读法和一些特殊的文本信息，这些信息如果不记下来，可能会随着时间的流逝而丢失[2]。
校勘和研究：马所拉批注体系为后来的校勘和研究提供了重要的参考，无论是古抄本还是校勘本，实际上都是多重文本，里面叠加了很多传统[3]。
综上所述，马所拉学士的批注对于保持文本的原貌、传承口头传统、记录文本更改以及后来的校勘和研究都具有重要作用。