菅原道真在編纂《類聚國史》時面臨的爭議主要包括：
政治立場和偏見：菅原道真被認為在編纂過程中帶有個人的政治立場和偏見，這導致了對某些歷史事件和人物的描述可能存在偏見，並且對天皇的記錄過於美化。
史料的選擇和利用：在《類聚國史》中，菅原道真對史料的選擇和利用也引起了爭議，部分學者認為他可能忽視或排除了一些不利於自己政治立場的史料。
對歷史人物的評價：菅原道真對歷史人物的評價也受到質疑，特別是對於與自己政見不合的人物，可能存在貶低或忽略的情況。
學術爭議：由於菅原道真在學術上的影響力，他的編纂工作也引起了學術界的爭議，部分學者對他的學術能力和方法提出了質疑。
這些爭議反映了菅原道真在編纂《類聚國史》時所面臨的挑戰，以及後人對其工作的評價和質疑。相關討論和研究仍在繼續，以更全面地評價菅原道真的工作和《類聚國史》的歷史價值。