苏格兰王国在1707年与英格兰合并后保留了其独立的法律系统，主要原因如下：
《1707年联合法令》：苏格兰和英格兰在1707年签订的《联合法案》中规定，苏格兰可以保留自己的法律系统。1707年联合法令- 维基百科
司法权的保留：尽管苏格兰在合并后丧失了立法权和大部分行政权，但联合王国始终没有取消苏格兰的法院系统，苏格兰的司法权因此得以保持。单一制国家特别自治行政区研究 - 明德公法网
法律传统的尊重：《联合条约》中特别强调尊重苏格兰的法律传统，包括苏格兰的长老教会和英格兰的基督教。论西方多民族国家的宪制安排：英国、加拿大和西班牙 - 明德公法网
教育和宗教的自治：苏格兰在与英格兰合并后，仍然保留了自己的宗教、教育、法律和地方政府等市民社会自治系统。脱欧：英国分裂序曲？-新华社大数据智库云
法律体系的差异：苏格兰属于普通法系，但其法学家们在17世纪发展出了独特的法律体系，这使得苏格兰法律在某些方面与英格兰地区的普通法制度不同。信托法简史 - 司法文明协同创新中心
综上所述，苏格兰之所以能够在与英格兰合并后保留其独立的法律系统，是因为在合并时双方达成的协议中明确了苏格兰法律系统的保留，以及对苏格兰法律传统的尊重和保护。这些因素共同确保了苏格兰法律系统的独立性和连续性。