淀藩在幕末时期的鸟羽伏见之战中拒绝让幕府军进入淀城的原因主要是出于对淀藩自身安全的考虑。根据搜索结果中的“详解鸟羽伏见之战·第3天，御锦旗的出现和淀藩的叛变 - 明治历史网”[1]，淀藩担心如果将淀城交给旧幕府军，新政府军会认为淀藩与幕府军是同伙，从而遭受新政府军的强烈攻击。因此，淀藩做出了保持武装中立的决断，不将枪口对准德川军或新政府军。此外，“诚字旗背后的真实——历史中的新选组”[7]中提到，淀藩藩主稻叶正邦虽然身为幕府老中，但在关键时刻害怕遭受连累，断然拒绝了东军的入城请求，并烧毁了进入淀城的木桥，使得幕府联军以淀城为据点的防御战计划彻底落空。这些行动表明淀藩在鸟羽伏见之战中采取了避免直接参与冲突、力求自保的策略。