伊萨克一世与普世牧首米海尔一世之间的关系恶化，最终导致牧首被逮捕的原因，根据搜索结果，可以归结为以下几点：
权力斗争：伊萨克一世与米海尔一世之间存在权力斗争。伊萨克一世试图加强皇帝的权力，而米海尔一世作为君士坦丁堡大牧首，代表了教会的权力和影响力。这种权力的争夺导致了两者之间的紧张关系。
教会改革：米海尔一世在教会中推行了一系列改革，这些改革可能触动了伊萨克一世的利益或观念，从而加剧了双方的矛盾。
政治因素：伊萨克一世可能利用对米海尔一世的打压来巩固自己的统治，通过逮捕牧首来展示自己的权威，同时削弱教会的力量。
个人因素：除了权力和政治因素外，两人之间可能还存在个人恩怨或理念上的冲突，这些个人因素也可能加剧了他们之间的关系恶化。
这些因素综合起来，最终导致了伊萨克一世与普世牧首米海尔一世之间的关系恶化，以及米海尔一世的逮捕。这一事件也反映了当时拜占庭帝国内部皇权与教权之间的紧张关系。