第二次十字军东征期间，神圣罗马帝国的诸侯转而发起北方十字军运动的原因主要与几个因素有关：
宗教动机：北方十字军运动（波罗的十字军运动）是由丹麦和瑞典信奉天主教的国王、德意志的宝剑骑士团及条顿骑士团和他们的盟友针对北欧波罗的海东南部异教地区所发起的军事行动[1]。这些诸侯可能出于宗教扩张的目的，希望将基督教传播到这些异教地区。
政治与经济利益：北方十字军运动同样涉及政治和经济利益。通过征服和转化异教徒地区，诸侯可以扩大自己的领土和影响力，同时获取经济资源[1]。
对东方的失望：第二次十字军东征未能取得预期的成功，可能使得一些诸侯对东方的军事行动感到失望，转而寻求其他方向的扩张机会[2]。
教宗的影响：教宗可能对诸侯发起北方十字军运动有所影响，鼓励他们将注意力从东方转向北方的异教徒[2]。
对抗文德部落：根据维基百科的资料，诸侯转而发起北方十字军运动，以对抗文德部落为首的东北欧异教徒[2]。
综上所述，第二次十字军东征期间，神圣罗马帝国的诸侯发起北方十字军运动是出于宗教、政治、经济以及对抗异教徒的多重动机。这些因素共同推动了北方十字军运动的兴起和发展。