2004年敏督利台风（台湾称为“七二水灾”）期间，台湾政府在应对考试安排上面临的争议主要集中在以下几个方面：
考试时间调整：台风导致部分地区的考试安排受到影响，政府需要决定是否推迟考试时间。由于不同地区受灾程度不同，如何公平地调整考试时间成为一个争议点。
考试公平性：受灾地区的学生可能因为台风影响而无法正常复习或参加考试，这引发了对考试公平性的争议。政府需要考虑如何在保障公平的同时，对受灾学生给予适当的关照。
考试资源分配：台风过后，一些地区的考试设施受损，需要重新分配考试资源。如何合理分配资源以确保所有学生都能参加考试，也是一个需要解决的问题。
考试安全问题：台风可能造成交通中断和基础设施损坏，这给学生的安全出行带来了风险。政府需要评估在台风过后举行考试的安全性，并采取相应措施保障学生安全。
考试内容和形式的调整：由于台风的影响，一些地区的教学计划被打乱，可能需要对考试内容和形式进行调整，以适应实际情况。
以上争议点反映了在自然灾害面前，政府在维护教育公平和考试正常秩序方面所面临的挑战。台湾政府需要综合考虑各种因素，制定合理的应对措施。