贝聿铭在设计肯尼迪总统图书馆时，将建筑与肯尼迪的遗产结合的方式体现在以下几个方面：
建筑作为纪念碑：贝聿铭将肯尼迪图书馆设计为一座纪念碑，以纪念肯尼迪总统的伟大事业和遗产。澎湃新闻提到，建筑的通高中空空间肃穆庄严，唤起人们对肯尼迪的追思。
新颖设计和造型：贝聿铭的设计新颖、造型大胆，通过钢筋和玻璃上的几何图形为建筑增添了特色，使其成为一座真正的纪念碑。ArchDaily强调了这一点。
杰奎琳夫人的信任：杰奎琳夫人对贝聿铭的眼神和气质充满了信任和敬意，认为他具备了充沛的精力和坚定的信心，值得依赖和信赖。搜狐提到了这一点。
建筑与环境的和谐：贝聿铭设计的肯尼迪图书馆倚海矗立，黑白分明的现代化建筑，与周围环境和谐共存。景观中国强调了建筑与环境的关系。
光影的利用：贝聿铭将建筑对光影的利用发挥到极致，在蓝天白云、阳光映照之下，这栋建筑在闪闪发光，引行人驻足。网易提到了这一点。
综上所述，贝聿铭通过创新的设计、对光影的巧妙运用、以及与环境的和谐融合，成功地将肯尼迪总统图书馆打造成了一座纪念肯尼迪总统的建筑杰作。