龟兹佛教文化的摧毁主要经历了两个阶段：
宗教冲突与政治变革：公元10世纪左右，龟兹地区发生了佛教与伊斯兰教之间的宗教冲突，导致佛教寺院庙宇被拆毁，佛像被捣毁，佛教经典文献被焚烧，佛教教徒被屠杀，龟兹佛教文化遭受了第一次浩劫[1]。到了15世纪，伊斯兰教最终取代了佛教，龟兹一千多年的佛教历史因此告终[4]。
外国掠夺与盗窃：19世纪末至20世纪初，外国探险家和考古队对新疆地区的佛教石窟壁画进行了大规模的揭取和偷窃，导致大量龟兹壁画和文物流失国外[12]。据新疆龟兹研究院统计，克孜尔石窟被偷窃的壁画约有500平方米[13]。
这两个因素共同导致了龟兹佛教文化的摧毁。宗教冲突和政治变革直接导致了佛教文化的物理破坏，而外国的掠夺和盗窃则使得大量文物流失，进一步加剧了文化的消亡。这些事件共同构成了龟兹佛教文化被摧毁的历史过程。