宋少帝赵昺的陵墓出现在深圳市南山区招商街道赤湾村的原因，根据搜索结果中提供的信息，可以总结如下：
历史背景：宋少帝赵昺是南宋的末代皇帝，继位时年仅七岁。当时正值宋元交战，南宋不敌元朝，最终在广东新会崖山战败，赵昺与丞相陆秀夫一同投海自尽12。
陵墓位置：赵昺原本并非葬于深圳，而是在广东新会崖山离世。但据《赵氏族谱·帝昺玉牒》记载，赵昺的遗骸后来漂至赤湾，被群鸟遮其上，山下古寺的老僧发现后认定是赵昺的遗体，并将其安葬在赤湾34。
后世发现与修缮：1903年，赵氏后人发现了这个古墓，并在1911年开始进行修缮。后来历经战火，直到1983年，我国开发南海油田，赤湾为后勤基地，宋少帝陵才重新被发现5。
地理位置：宋少帝陵位于广东省深圳市南山区赤湾小南山上，少帝路、赤湾公园附近，是广东省境内少数的皇帝陵寝之一6。
综上所述，宋少帝赵昺的陵墓之所以会出现在深圳赤湾，是因为据传他的遗骸在海中漂流至赤湾后被当地僧人发现并安葬，后经赵氏后人修缮并保存至今。