阿玛拉逊莎女王在与东罗马皇帝查士丁尼一世谈判后仍然遭遇悲惨命运的原因，根据搜索结果，可以归结为以下几点：
儿子的逝世导致计划剧变：阿玛拉逊莎女王在与查士丁尼一世谈判时表达了归顺东罗马帝国的愿望，但534年她儿子的突然逝世使得这一计划发生了剧变。来源
内部权力斗争：阿玛拉逊莎女王的儿子去世后，她让表弟狄奥达图斯继承王位，但狄奥达图斯后来却背叛了她，导致她被谋杀。这场内部权力斗争是阿玛拉逊莎女王遭遇悲惨命运的直接原因。来源
查士丁尼一世的利用：阿玛拉逊莎女王的死成为了查士丁尼一世入侵东哥特的借口。查士丁尼一世得知阿玛拉逊莎遇害的消息后，立即调动人马准备对东哥特开战。来源
综上所述，阿玛拉逊莎女王的悲惨命运是由她儿子的意外逝世、内部权力斗争以及查士丁尼一世的政治利用共同作用的结果。