在江户时代，熊本藩的藩主经历了几项重大变革：
版籍奉还与废藩置县：明治维新期间，明治新政府于1869年（明治2年）6月颁行“版籍奉还”政策，要求各藩藩主将政权与领地交还给天皇，随后实施“废藩置县”政策，将藩转化为县，加强中央集权。废藩置县150周年：回顾明治维新最重大的变革 - nippon.com
藩政改革：18世纪后半期以后，江户时代后期出现藩政改革热潮，诸多藩主致力于政治改革，熊本藩也不例外。日本江户时代后期大名权力演进及其影响——以德岛藩为中心的考察
家纹改变：1747年，熊本藩第五代藩主宗孝在江户被杀，导致熊本藩家纹的改变。熊本藩_百度百科
藩校开设与改革：1755年，熊本藩开设藩校时习馆，并由重贤进行改革，成功将熊本藩中兴。熊本藩_百度百科
这些变革标志着熊本藩从封建领地向近代行政区划的转变，以及政治和社会结构的现代化。