南船座被国际天文学联合会废弃并拆分为三个新星座的原因主要是由于其过大的面积和天文学标准化的需要。根据搜索结果中的信息：
历史原因：南船座（Argo Navis）是古代星座之一，代表伊阿宋和阿尔戈英雄号船。由于其面积过大，十八世纪的天文学家决定将其拆分[1]。
标准化需求：1928年，国际天文学联合会（IAU）正式公布了88个星座的名称，这88个星座被分成3个天球区域，每个区域包含29.6个星座。南船座被废弃不用，其位置被新的三个星座所取代[2]。
新星座的设立：南船座被拆分为船底座（Carina）、船尾座（Puppis）和船帆座（Vela）[3]。
避免混乱：为了避免星座划分上的混乱，国际天文学联合会在1928年的罗马大会上决定全天空设立88个星座，废除了拉朗德等人所设立的星座[4]。
因此，南船座被废弃并拆分为三个新星座，是为了满足天文学上的标准化和实际观测的便利。这一变化也反映了天文学随时间的发展和进步。