君士坦丁九世废止亚美尼亚军区部队的军事职责被认为是对拜占庭帝国东部防御的灾难，主要原因如下：
军区制的重要性：根据搜索结果中的“2020｜公元620年代拜占庭帝国的军事屯田”1，军区制通过将土地与军役相结合，实现了土地税与军事服役的统一，既减轻了财政负担，又增强了军事力量，改善了拜占庭帝国在对外战争初期的不利处境。因此，军区制对于拜占庭帝国的军事和财政至关重要。
削弱边境防御：根据搜索结果中的“10 至13 世纪拜占庭军队逐渐衰落的原因是什么？”2，君士坦丁九世解散了亚美尼亚军区的5万驻军，这极大地削弱了东部边境的防御。亚美尼亚军区是拜占庭帝国东部的一个重要军事区域，其部队的解散直接导致了边境防御力量的减弱。
政治动荡和内部问题：搜索结果中的“强大的拜占庭军队为何会被十字军打败？实力演绎：不作死就不会死”3提到，导致拜占庭军队直接衰落的原因，主要是内部政治的动荡和缺乏有能力的领导者。君士坦丁九世的决定可能是由于内部政治斗争或个人权力巩固的需要，但无疑对帝国的长期安全造成了损害。
依赖雇佣军：根据搜索结果中的“千年东罗马的长盛之道：浅析拜占庭帝国军区制”4，衰落后的拜占庭帝国在末期更加依赖雇佣军，军区变得可有可无。这种依赖减少了帝国对自己军队的控制，增加了军事成本，并可能降低了军队的忠诚度和战斗效率。
综上所述，君士坦丁九世废止亚美尼亚军区部队的军事职责，不仅削弱了拜占庭帝国东部边境的防御力量，还反映了帝国内部政治的不稳定和对雇佣军的过度依赖，这些因素共同导致了对拜占庭帝国东部防御的灾难性影响。