飞鸟时代日本排除中国的科举制度、太监制度和缠足风俗的原因主要有以下几点：
科举制度：根据搜索结果中的资料，中国的科举制度在日本没有生存的土壤，因为日本社会结构与中国不同，底层平民没有向上流动的渠道1。此外，日本人在科举制实施之后对其进行了改造，颁布了《养老律令》，显示了日本对科举制度的本土化调整2。
太监制度：日本天皇与中国皇帝在权力结构上存在差异。日本天皇几乎不掌大权，而中国皇帝独揽皇权，宦官制度与皇权集中有关3。因此，宦官制度在日本没有形成，也与日本天皇权力被架空的历史背景有关4。
缠足风俗：缠足风俗在中国是社会地位和审美的象征，但在日本并没有这样的文化基础和社会需求，因此没有被接受和推广5。
综上所述，日本在飞鸟时代排除这些中国制度和风俗，主要是由于社会结构、文化差异和历史背景的不同。这些差异导致这些制度和风俗在日本没有得到广泛推广和接受。