齐格蒙特三世·瓦萨的统治在现代波兰仍然存在争议的原因主要涉及以下几个方面：
责任归属问题：关于齐格蒙特三世应该为波兰-立陶宛联邦后来的衰落负上多少责任，这是一个高度争议的话题。有观点认为他好大喜功、四处征战的风格是缺乏目标、滥用国力的行为[1]。
王位争夺战：齐格蒙特三世在瑞典的王位争夺战中落败，因为他没有得到瑟姆和波兰贵族的支持，这导致他在老家瑞典的王冠被叔叔篡夺[2]。
经济问题：对齐格蒙特三世来说，直到确定他的儿子将继承王位之后，他才开始关心联邦国家的经济问题[3]。
宗教和文化：波兰独特的萨尔马特式生活方式，是天主教巴洛克风格与奥斯曼帝国文化的结合，这种文化和宗教的融合在当时和现代都可能引起争议[3]。
军事和外交政策：瓦迪斯瓦夫四世·瓦萨（齐格蒙特三世的儿子）支持波兰宗教宽容并实行军事改革，但也因未能实现重夺瑞典王位、征服奥斯曼帝国以博取声望和加强国王权力而受到争议[1]。
综上所述，齐格蒙特三世·瓦萨的统治在现代波兰存在争议，主要是因为他的统治方式、对联邦衰落的责任、王位争夺战的失败、对经济问题的关注时机，以及宗教和文化融合等方面。这些因素共同构成了对他的统治评价的复杂性和争议性。
[1] 齐格蒙特三世·瓦萨- 维基百科
[2] 波兰衰亡简史——正说波兰史（四十六） - 机核GCORES
[3] 第34页- 读书笔记- 波兰史- 豆瓣