中世纪后期的学者在科学研究中保持相对自由的方式主要体现在以下几个方面：
学术与宗教的分离：根据维基百科的描述，中世纪学者如奥卡姆坚持理性独立于信仰，这使得科学能够从神学和哲学中分离出来，为学者提供了相对的研究自由中世纪- 维基百科，自由的百科全书。
学术独立与思想自由：在美国中世纪研究的建立过程中，学者们避免了现实政治对学术的极端负面影响，保持了学术独立与思想自由中世纪研究在美国的建立及其早期风格 - 中国历史研究院。
学术概念的发展演变：在“12世纪文艺复兴”概念的发展过程中，学者们强调学术发展与社会思潮变迁的紧密联系，捍卫中世纪学术研究的自由“12世纪文艺复兴”学术发展史研究（1840—2012）。
学术研究的民族国家追求：在中世纪研究中，学者们力图凸显自身民族国家的历史渊源和合法性，这在一定程度上也体现了学术自由的追求“12世纪文艺复兴”：欧洲中世纪盛期研究的嬗变| 社会科学报 - 搜狐。
社团因素与社会责任感：巴黎学者社会指引力的形成因素中，社团因素和大学学者社会责任感因素被认为对学术自由有重要影响浅析中世纪欧洲大学学者的社会指引力。
科学与哲学、宗教的关联研究：中世纪晚期的哲学与科学事业中，学者们注重科学与哲学、宗教、逻辑的关联研究，这为科学研究提供了更广阔的视野中世纪晚期的哲学与科学事业 - 实践与文本。
这些方式共同构成了中世纪后期学者在科学研究中保持相对自由的基础。