杨守敬在《水经注》研究中的重要发现和贡献主要体现在以下几个方面：
《水经注疏》的编撰：杨守敬与门人熊会贞历时数十年，写成了《水经注疏》巨著，共四十卷，这部作品被认为是研究郦道元《水经注》的集大成之作12。
地理学贡献：杨守敬的学术成就以舆地学最为突出，他用毕生的精力研究《水经》和《水经注》，其地理学造诣被称为清代“三绝学”之一34。
重要发现：在《水经注》研究中，杨守敬有两大重要发现。首先，他发现晋侨置州郡无“南”字，即晋室南渡后在南方侨置的州郡并非如《晋书·地理志》所说的那样冠有“南”字5。其次，他对《水经注》原文进行了深入研究，提出了“以书考图，以图复书，疏图互证”的研究方法，这种方法对后世的地理学研究产生了深远影响6。
学术地位：杨守敬的地理学成就与王念孙、段玉裁的小学和李善兰的算学，并誉为清朝“三绝学”，显示了他在学术界的重要地位7。
综上所述，杨守敬在《水经注》研究中的发现和贡献，以及他的学术地位，是他的研究被称为当时“三绝学”之一的原因。他的工作不仅对《水经注》本身的研究有着重要影响，也对历史地理学的发展做出了巨大贡献。