第三次十字军东征中，法兰西国王腓力二世决定撤回军队的原因主要有以下几点：
领袖间的纠葛：根据搜索结果中的多个来源，包括维基百科和百度百科，腓力二世与英王理查一世之间发生了严重的矛盾和纠葛[1][2]。这些纠葛导致他们无法继续合作，进而影响了军事行动的统一指挥和协调。
兵力薄弱：由于兵力不足，腓力二世无法有效地对敌军发起攻击，这迫使他做出了撤退的决定[3]。
国内政局问题：理查一世也因为国内政局问题和后勤兵力因素决定退兵，这可能间接影响了腓力二世的决策[4]。
与萨拉丁的和约：虽然主要涉及理查一世，但埃及苏丹萨拉丁与十字军的和约可能也影响了腓力二世的决策，因为这意味着继续战斗的政治和军事目标已经发生了变化[5]。
综上所述，腓力二世撤回军队的决策是由多方面因素造成的，包括与联军领袖的矛盾、兵力不足、国内政治问题以及与敌军的和约等。这些因素共同作用，导致他最终决定撤回参与第三次十字军东征的法兰西军队。